大約在1667年，牛頓開始修習化學。為了更好地入門，牛頓大量地搜集資料，編纂了一本包括名詞、儀器和專門術語的詞典。雖然這本詞典里大部分包含的都是化學知識，但牛頓也意識到有些東西需要保密。例如，詞典中Elixar這個詞，是指能治百病的靈藥，就是煉金術追求的長生不老藥，但牛頓在這個詞條的下方并未做注釋。相反，其他的詞語都有簡短的說明。

　　在牛頓探索煉金術的過程里，波義耳起到了指導老師的作用。兩人的首次公開會面是1675年，一年后，他們的通信往來開始頻繁。在修習煉金術的過程里，牛頓經(jīng)常與波義耳交流探討。當波義耳在皇家學會上發(fā)表《與黃金同在時水銀的增溫反應》這篇有關煉金術的文章時，牛頓曾寫信給皇家學會的秘書奧爾登伯格，請求奧爾登伯格制止波義耳向社會公布他在煉金術上的發(fā)現(xiàn)。牛頓在信里提到：“它有可能產(chǎn)生一些高貴的東西，但就算如煉金術的作者所言含有一絲真理，即不會對世界造成極深的傷害，也不應該開誠布公……”除此之外，牛頓還經(jīng)常建議波義耳用假名來發(fā)表相關的文章，以免被大眾識破真相。從這里我們可以看出，雖然牛頓正在研究煉金術，但他并不愿意正大光明地進行相關工作。為了維護自己辛苦奮斗來的名譽和地位，牛頓必須以秘密的方式來探索哲人石。

　　從1669年起，牛頓接連幾次去倫敦購買實驗材料和設備，并與一些煉金術士和特殊的書商接觸。在這些書商里，牛頓通過一個叫做庫珀的書商購買到一些在歐洲各地風行的煉金術手冊，其中有澤茨納的《化學論》和菲拉利塔斯的《重現(xiàn)里普利》。在實驗所需要的東西全備后，牛頓開始日夜守在實驗室的爐火前，一遍遍做著實驗和詳細記錄。修習煉金術期間，牛頓還加入了“哈特利布社團”。這是一個煉金術士和巫師的社交圈，它的目標就是將煉金術的教條和機械哲學的知識架構結合起來。牛頓是被當時的科學家摩耳介紹進來的。那段時間里，牛頓多次離開劍橋，參加社團聚會，與圈子里的社友一同探討相關的煉金術事宜。在交流中，牛頓曾鮮明地表達過自己對煉金術的感受：“煉金術并非如無知的民眾所以為的，只是買賣金屬而已，那種錯誤的想法對此高貴的科學是侮辱……而是為了教化和造福人類。”可以說，在哈特利布社團里的交流探討，為以后牛頓研究煉金術提供了廣泛的知識架構。

　　三十年心血毀于一旦

　　在最初的煉金實驗里，牛頓并非一帆風順。一開始，牛頓是按照前人的經(jīng)驗和套路進行相應的操作。他先是試驗如何讓金屬性質改變。水銀作為煉金術士心中的宇宙第一物質，被稱作“哲學家的使者”，它可以讓金屬轉化性質。因而牛頓起先的實驗就是試圖制造出水銀。根據(jù)波義耳的方法，牛頓將普通的水銀溶解在硝酸里，然后加入鉛屑，但得出來的銀白色固體和原來加進去的水銀相同。在第一次失敗后，牛頓繼續(xù)把不同的金屬加入含水銀的硝酸溶液，然而每一次都只得到普通的水銀，“哲學家的使者”并沒出現(xiàn)過。

　　雖然在開始階段遇到了一系列挫折，但牛頓并未氣餒。接下來的研究中，牛頓用銻元素代替先前的金屬。這一次，在1670年底的時候，牛頓成功制得了一種神秘的東西——軒轅十四銻。盡管軒轅十四銻可能并不是能將金屬轉變性質的水銀，可牛頓卻對這個成就欣喜異常。

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